Vieraskynä-blogin kirjoitti Aalto-Helsinki iGEM tiimin opiskelijat
Immuno Diagnostic Oy tukemassa opiskelijavetoista tutkimusryhmää
Olemme päässeet tekemään innostavaa yhteistyötä Immuno Diagnostic Oy:n ja Telesis Bion kanssa. Heidän avullaan pääsimme kokeilemaan uutta BioXp 3250 laitetta, jolla voi syntetisoida DNA:ta, mRNA:ta ja tulevaisuudessa myös proteiineja.
Viimekuukaudet ovat olleet kovin jännittäviä. Opiskelijavetoinen tiimimme on kehitellyt hoitoa kroonisiin haavoihin kehittyviin biofilmeihin. Krooninen haava on usein hankala pitää puhtaina ja bakteerit voivat muodostaa haavaan biofilmin. Biofilmi voi vuorostaan estää antibioottien pääsyn bakteerien luokse ja näin johtaa vakavaan infektioon. Tavoitteenamme on siis estää bakteerien välistä kommunikointia ja estää biofilmin muodostumista DARPin (designed ankyrin repeat proteins) proteiineillamme.
Tätä varten meidän tarvitsi syntetisoida DARPin fragmentit ja tässä vaiheessa otimme yhteyttä Immuno Diagnosticiin ja Telesis Bioon. Dry-lab tiimimme oli kehittänyt DARPin kirjaston, josta valitsimme 32 sekvenssiä syntetisointia varten. Keskustelimme projektista Immuno Diagnosticin ja Telesis Bion edustajien kanssa, ja he kertoivat meille BioXp:n mahdollisuuksista ja pohdimme vaihtoehtoisia lähestymistapoja projektiin, kuten mRNA:n ja DNA:n syntetisointi. Tapasimme Immuno Diagnosticin NGS tuotepäällikön Anni Kivisen myös livenä ja pääsimme näkemään BioXp:n demoajon sekä puhumaan yhteistyömme eri mahdollisuuksista.
Tapasimme myös Telesis Bion asiantuntijoiden kanssa Teamsin välityksellä ja saimme lisää selkeyttä siihen, mikä vaihtoehto olisi projektimme kannalta paras. Punnittuamme kaikkia vaihtoehtoja, päädyimme siihen, että DNA:n syntetisointi on meidän projektimme kannalta paras vaihtoehto. Saimme paljon apua asiantuntijoilta portaalin navigoimiseen ja lopulta sekvenssien lataaminen oli erittäin helppoa.
Kun BioXp ja reagenssit saapuivat Otaniemeen, pääsimme suorittamaan ajon. Koneen valmistelu oli todella helppoa ja saimme apua, jotta kaikki menisi hyvin. Anni auttoi meitä paikan päällä ja Telesis Bion edustaja oli etäyhteyden päässä auttamassa kysymysten kanssa. Ajo kesti itsessään noin 14 tuntia, ja kaikki oli valmista seuraavana päivänä tullessamme töihin. Olimme yllättyneitä, kuinka helppoa sekä koneen valmistelu että ajon jälkeinen moduulien poistaminen oli. Säilytimme tuotetut fragmentit jääkaapissa, kunnes varmistimme geeliajolla ajon onnistumisen. Molempien yritysten tuki on ollut ryhmällemme suuri apu, sillä opiskelijavetoisena tutkimusryhmänä meillä ei ole vielä vuosien kokemusta.
Haluamme kiittää sekä Immuno Diagnostic Oy:tä sekä Telesis Bioa kaikesta tuesta ja avusta, jota olemme saaneet prosessin aikana mahdollistaen tavoitteidemme saavuttamisen.
Aalto-Helsinki iGEM tiimi 2022
* Aalto-Helsinki iGEM ryhmä saavutti projektillaan kultamitalikategorian iGEM Grand Jamboreella Pariisissa lokakuussa 2022.