Hämeenlinna

Kaivokatu 16
13100 Hämeenlinna
Y-tunnus: 0499964-0

Puh. +358 3 615 370 Fax. +358 3 682 2039

Espoo

Sinimäentie 10 C
02630 Espoo

Oulu - Huollon toimipiste

Aapistie 7 B
90220 Oulu

Tilaukset, tuotetiedustelut sekä muut tiedustelut: info@immunodiagnostic.fi

Ota yhtettä Tekninen tuki ja huolto
Siirry sisältöön

Koronaviruksen (SARS-CoV-2) sekvensointi

Valikoimissamme useita vaihtoehtoja koronaviruksen NGS-sekvensointiin; amplikonipaneelit joko cDNA-käännön kanssa tai ilman sekä erilaiset RNA-sekvensointiratkaisut/kirjastokitit, lue lisää!

NuGEN/Tecan Genomics Revelo

NuGEN/Tecan Genomics Revelo (pohjautuu Trio-RNAseq -kittiin jossa SPIA, single primer isothermal amplification teknologia):

  • High detection sensitivity of SARS-CoV-2
  • Detect down to ~500 viral copies with minimal sequencing read depth
  • Identify co-infective agents in the same sample, without a priori knowledge
  • Input: 250 pg – 10 ng total RNA
  • Lib prep kit specifically designed to deal with the problems of detecting and amplifying viral pathogens from degraded samples
  • Simple, rapid, user-friendly protocol that can take you from sample to sequencer in just ~6.5 hours

Lataa tästä esite

 

Paragon Genomics CleanPlex® SARS-CoV-2 NGS Paneeli (RUO)

  • Multiplex-PCR -pohjainen amplikonipaneeli
  • Kattaa koko virusgenomin (lukuun ottamatta 92 bp lopusta)
  • Target size: 29 930 bp
  • 343 amplikonia (kahdessa eri primer-poolissa)
  • input 50 ng total RNA
  • High Coverage – 99% coverage of the entire SARS-CoV-2 genome
  • Herkkä- tunnistaa 1 viruskopion (vs. 3-5 kopiota RT-qPCR-testillä)
  • Workflow:n kesto 5.5h (reverse transcription, multiplex-PCR, CleanPlex taustankorjaus, indeksointi- PCR, poolaus) + sekvensointi, hands-on aika 1h
  • Soveltuvuus Illumina & MGI laitteistoille, lue lisää

 

Paragon Genomics CleanPlex® SARS-CoV-2 FLEX Panel

Contains degenerate primer designs of polymorphic regions of the genome to allow more robust amplification of variable strains. The FLEX panel also contains a human positive control that amplifies at 100bp longer than the viral library peak to serve as an internal library preparation control, especially for negative samples. CleanPlex technology allows the ease and flexibility to sequence samples for confident infectious disease surveillance and research. Read more

Paragon Genomics CleanPlex® Respiratory Research Panel v2

Designed for COVID-19 Influenza (flu A/B), and RSV (A/B) detection, research, and surveillance, enabling complete genome sequencing of the SARS-CoV-2 virus and concurrent influenza A and B sub-typing with highly sensitive detection. The respiratory virus primers were expertly designed in consideration of over 45,000 viral genome sequences to generate highly specific, but also universally conserved targets for each influenza and RSV subtype to allow confident detection throughout flu seasons, regardless of changes in strain prevalence. Ready for early access customers. Read more

Paragon Genomics CleanPlex® ACE2 & TMPRSS2 Panel

A multiplex PCR-based targeted sequencing assay designed to examine two genes associated with COVID-19 susceptibility. Interrogates entire ACE2 & TMPRSS2 coding and promotor regions plus curated 70+ eQTL targets. Read more

Webinar: Turn your sequencing lab into a COVID-19 research and surveillance powerhouse

 

Swift Biosciences SARS-CoV-2 PANEL (RUO)

  • koko virusgenomin (98%) kattava amplikonipaneeli
  • input: 1ng virus-cDNA:ta
  • Helppo & suoraviivainen protokolla: 2h:ssa cDNA:sta kirjastoksi
  • Laitesoveltuvuus: Illumina-sekvensointi
  • Näytteiden multiplexaus: 96 / 384 CDI per MiSeq ajo
  • Kittikoko: 48rxn, sis. PCR primerit, kirjastonvalmistusreagnessit, indeksit

Swift Amplicon SARS-CoV-2 -paneeli on robusti menetelmä, jolla saadaan aikaan optimaalinen lukupeitto. Perustuu patentoituun multiplex-PCR teknologiaan, joka mahdollistaa kirjaston rakentamisen 1. juosteen tai toisen juosteen cDNA:sta käyttämällä rinnastettuja alukepareja. Alukkeet on suunniteltu NCBI:n referenssisekvenssin NC_045512.2 mukaan. In Silico-analyysissä ei tunnistettu vastaavia kohdesekvenssejä ihmisen isäntägenomisekvensseistä. Lue lisää

ACE2-geenipaneeli – ACE2 SWIFT NORMALASE® AMPLICON PANEL (SNAP)

  • Catalog No ACE2G1-96, Swift Biosciences
  • Multiplex-PCR-pohjainen NGS-amplikonipaneeli, workflow 2.5h

Ihmisen hengitysteiden epiteelisolujen pinnalla olevan ACE2: n on todettu olevan avainreseptori SARS-CoV-2:n pääsyyn isäntäsoluihin. Vaikka SARS-CoV käyttää myös ACE2: ta reseptorina, SARS-CoV-2 viruksen mutaatiot lisäävät sen sitoutumisaffiniteettia ACE2: een suhteessa SARS-CoV: hen. ACE2-reseptorin sekvenssin ja ekspressiotasojen vaihtelut voivat vaikuttaa SARS-CoV-2: n kykyyn sitoutua onnistuneesti ja siirtyä isäntäsoluihin, ja lukuisat ACE2-variantit onkin liitetty sairauden alttiuteen ja vakavuuteen. ACE2: n sekvensointi ja geenin varianttien tutkiminen voi antaa lisätietoa COVID-19 infektion vakavuudesta ja helpottaa epidemiologisia lisätutkimuksia. Lue lisää

Swift Normalase® Amplicon SARS CoV-2 Panel (SNAP)

SNAP kits utilize multiple overlapping amplicons in a single tube, using a rapid, 2-hour workflow to prepare ready-to-sequence libraries. The PCR1+PCR2 workflow generates robust libraries, even from low viral load samples. The libraries may be quantified with conventional methods such as Qubit® or Agilent Bioanalyzer and normalized by manual pooling or normalized enzymatically with the included Swift Normalase reagents.

Uusin julkaisu: Sensitive recovery of complete SARS-CoV-2 genomes from clinical samples using Swift Biosciences’ SARS-CoV-2 multiplex amplicon sequencing panel. Addetia A et al., J Clin Microbiol Oct 2020

“In summary, the Swift SARS-CoV-2 amplicon panel is a simple, highly sensitive approach for recovering SARS-CoV-2 genomes. The panel has allowed for the study of genomic rearrangements and mutations that are uniquely associated with low viral load samples.”

Lue lisää Swift Biosciences COVID-19 NGS-ratkaisujen valintaoppaasta!

Lexogenin RNAseq-ratkaisut

Lexogenin RNAseq-ratkaisut/transkriptomiikka: virus-RNA:n sekvensointi, ribosomaalisen RNA:n depleetion kanssa (poistetaan humaaninäytteistä human rRNA) mahdollistaa virus-RNA:n rikastuksen ja täten kustannustehokkaan sekvensoinnin. Saatavilla myös cDNA-kääntökitti TeloPrime sekä RNAseq-kirjastokitti QuantSeq-Flex, johon mahdollista sisällyttää mitkä tahansa custom-primerit viruksen kohdegeenien sekvensoimiseen (gene expression panel). Myös helppokäyttöinen RNA-sekvenssin data-analyysiratkaisu saatavilla. Lue koko informatiivinen kooste täältä

NuGEN/Tecan Genomics Trio-RNAseq

  • RNAseq ratkaisu koronaviruksen sekvensointiin ja identifikaatioon
  • soveltuu low input -näytteille (alkaen 500 pg total RNA)
  • sisältää myös humaani-rRNA:n depleetioprobet, mikä parantaa herkkyyttä ja mahdollistaa tarkemman virusdetektion. Lue lisää

”The advantage in using Trio RNA-Seq is that it effectively enriches for viral load through utilising Tecan Genomics single primer isothermal amplification (SPIA) + AnyDeplete for the removal of non-informative rRNA transcripts. This effectively increases the dynamic range of detection but also improves the quality of the sequence data. “

Referenssit, kaksi tuoretta julkaisua:

Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patientsShen Z et al.

RNA based mNGS approach identifies a novel human coronavirus from two individual pneumonia cases in 2019 Wuhan outbreak, Chen L et al.

 

Kaikki koronavirustestaukseen liittyvät tuoteryhmät löydät täältä.

Covid-19 kooste

Otathan yhteyttä

Sanna Siltanen, Ph.D.

Tuotepäällikkö, NGS +358 44 565 7396