Hämeenlinna

Kaivokatu 16
13100 Hämeenlinna
Y-tunnus: 0499964-0

Puh. +358 3 615 370 Fax. +358 3 682 2039

Espoo

Sinimäentie 10 C
02630 Espoo

Oulu - Huollon toimipiste

Aapistie 7 B
90220 Oulu

Tilaukset, tuotetiedustelut sekä muut tiedustelut: info@immunodiagnostic.fi

Ota yhtettä Tekninen tuki ja huolto
Siirry sisältöön

Koronaviruksen (SARS-CoV-2) sekvensointi

Valikoimissamme useita vaihtoehtoja koronaviruksen NGS-sekvensointiin; amplikonipaneelit joko cDNA-käännön kanssa tai ilman sekä erilaiset RNA-sekvensointiratkaisut/kirjastokitit, lue lisää!

 

Paragon Genomics CleanPlex® SARS-CoV-2 NGS Paneeli (RUO)

  • Multiplex-PCR -pohjainen amplikonipaneeli
  • Kattaa koko virusgenomin (lukuun ottamatta 92 bp lopusta)
  • Target size: 29 930 bp
  • 343 amplikonia (kahdessa eri primer-poolissa)
  • input 50 ng total RNA
  • High Coverage – 99% coverage of the entire SARS-CoV-2 genome
  • Herkkä- tunnistaa 1 viruskopion (vs. 3-5 kopiota RT-qPCR-testillä)
  • Workflow:n kesto 5.5h (reverse transcription, multiplex-PCR, CleanPlex taustankorjaus, indeksointi- PCR, poolaus) + sekvensointi, hands-on aika 1h
  • Soveltuvuus Illumina & MGI laitteistoille, lue lisää

Webinar: Turn your sequencing lab into a COVID-19 research and surveillance powerhouse

 

Swift Biosciences SARS-CoV-2 PANEL (RUO)

  • koko virusgenomin (98%) kattava amplikonipaneeli
  • input: 1ng virus-cDNA:ta
  • Helppo & suoraviivainen protokolla: 2h:ssa cDNA:sta kirjastoksi
  • Laitesoveltuvuus: Illumina-sekvensointi
  • Näytteiden multiplexaus: 96 / 384 CDI per MiSeq ajo
  • Kittikoko: 48rxn, sis. PCR primerit, kirjastonvalmistusreagnessit, indeksit

Swift Amplicon SARS-CoV-2 -paneeli on robusti menetelmä, jolla saadaan aikaan optimaalinen lukupeitto. Perustuu patentoituun multiplex-PCR teknologiaan, joka mahdollistaa kirjaston rakentamisen 1. juosteen tai toisen juosteen cDNA:sta käyttämällä rinnastettuja alukepareja. Alukkeet on suunniteltu NCBI:n referenssisekvenssin NC_045512.2 mukaan. In Silico-analyysissä ei tunnistettu vastaavia kohdesekvenssejä ihmisen isäntägenomisekvensseistä. Lue lisää

 

Lexogenin RNAseq-ratkaisut

Lexogenin RNAseq-ratkaisut/transkriptomiikka: virus-RNA:n sekvensointi, ribosomaalisen RNA:n depleetion kanssa (poistetaan humaaninäytteistä human rRNA) mahdollistaa virus-RNA:n rikastuksen ja täten kustannustehokkaan sekvensoinnin. Saatavilla myös cDNA-kääntökitti TeloPrime sekä RNAseq-kirjastokitti QuantSeq-Flex, johon mahdollista sisällyttää mitkä tahansa custom-primerit viruksen kohdegeenien sekvensoimiseen (gene expression panel). Myös helppokäyttöinen RNA-sekvenssin data-analyysiratkaisu saatavilla. Lue koko informatiivinen kooste täältä

 

NuGEN/Tecan Genomics Trio-RNAseq

  • RNAseq ratkaisu koronaviruksen sekvensointiin ja identifikaatioon
  • soveltuu low input -näytteille (alkaen 500 pg total RNA)
  • sisältää myös humaani-rRNA:n depleetioprobet, mikä parantaa herkkyyttä ja mahdollistaa tarkemman virusdetektion. Lue lisää

”The advantage in using Trio RNA-Seq is that it effectively enriches for viral load through utilising Tecan Genomics single primer isothermal amplification (SPIA) + AnyDeplete for the removal of non-informative rRNA transcripts. This effectively increases the dynamic range of detection but also improves the quality of the sequence data. “

Referenssit, kaksi tuoretta julkaisua:

Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patientsShen Z et al.

RNA based mNGS approach identifies a novel human coronavirus from two individual pneumonia cases in 2019 Wuhan outbreak, Chen L et al.

 

Kaikki koronavirustestaukseen liittyvät tuoteryhmät löydät täältä.

Covid-19 kooste