Hämeenlinna

Kaivokatu 16
13100 Hämeenlinna
Y-tunnus: 0499964-0

Puh. +358 3 615 370 Fax. +358 3 682 2039

Espoo

Sinimäentie 10 C
02630 Espoo

Oulu - Huollon toimipiste

Aapistie 7 B
90220 Oulu

Tilaukset, tuotetiedustelut sekä muut tiedustelut: info@immunodiagnostic.fi

Ota yhtettä Tekninen tuki ja huolto
Siirry sisältöön

Mikrobien evoluutio diagnostiikan haasteena – case chlamydia

Järjestimme alkuvuodesta laboratoriodiagnostiikan ammattilaisille suunnatun koulutus- ja verkostoitumistapahtuman Helsingissä. Xpert Day 2020 -tapahtuma sisälsi ajankohtaisia luentoja Suomen infektiotautidiagnostiikan huippuasiantuntijoilta. Päivä oli täynnä loistavia puhujia ja nyt haluamme esitellä heidät myös teille! Nyt vuorossa Kliinisen mikrobiologian osastonylilääkäri Kaisu Rantakokko-Jalava (Tyks).

Mikrobien evoluutio diagnostiikan haasteena – case chlamydia

Kaisu Rantakokko-Jalavan esitys käsitteli keväällä 2019 Suomessa todetun uuden klamydiavariantin (Fi-nvCT) löytymistä sekä laboratorioiden ja klinikoiden yhteistyötä variantin epidemiologian ja vaikutusten selvittämiseksi.

Miten suomalainen klamydiavariantti löydettiin?

Indeksitapauksena oli 32-vuotias oireinen mies, jonka Hologic Aptima Combo 2 (AC2) testin tulos oli Tyksissä kaksi kertaa negatiivinen RLU arvoilla 26 ja 27. Näyte samasta potilaasta oli toisen valmistajan testillä (Allplex -paneeli) kuitenkin selvästi klamydiapositiivinen.

AC2 testissä C.trachomatis kohde on 23S RNAssa. Hologicin erillisessä CT varmistustestissä kohde on 16S RNAssa. Tätä varmistustestiä käyttämällä pystyttiin seulomaan AC2 testissä raja-arvoiset ja matalat RLU-arvot uudelleen ja todentamaan mahdollinen väärä AC2 C. trachomatis negatiivinen tulos. Kun varmistustesti saatiin käyttöön kaikissa AC2-testiä käyttävissä suomalaislaboratorioissa, ristiriitaisia tuloksia todettiin lähes koko maan alueelta.

Ristiriitaisia tuloksia antaneille C. trachomatis -kannoille tehdyissä sekvensointitutkimuksissa todettiin 23S RNAssa sama yhden emäksen mutaatio C1515T, jota ei ole todettu aiemmin.

Vanhin varma jälki ”mutanttikannasta” löytyi Tyksissä pakastetusta näytteestä, joka oli otettu kesäkuussa 2018. Kaikki potilaat, joiden C. trachomatis tulos oli ollut negatiivinen lievästi kohonneella RLU arvolla (>20) 1.1.2018 alkaen, kutsuttiin uuteen näytteenottoon. Mutaation takia piiloon jääneitä tapauksia todettiin olevan noin 6-8 % kaikista Varsinais-Suomen klamydialöydöksistä.

Ruotsalaisen klamydiavariantin tarina

C. trachomatisin genomin on ajateltu olevan melko stabiili. Viimeisin iso kliinisesti merkittävä mutaatio oli vuonna 2006 Ruotsissa todettu 377 bp deleetio kryptisessä plasmidissa. Tämä ns. ruotsalainen klamydiavariantti pääsi leviämään Ruotsissa laajalti sillä 2/3 Ruotsin laboratorioista käytti CT testejä, jotka eivät tätä muuntunutta kantaa silloin vielä tunnistaneet.

Diagnostiset menetelmät vaikuttavat evoluutioon

Vielä ei tiedetä, poikkeaako uusi Fi-nvCT kanta taudinkuvaltaan tai tartuttavuudeltaan ”tavallisesta” klamydiasta. Suomalaiseksi variantiksi nimettyä klamydiakantaa on löydetty myös Ruotsista ja Norjasta.

Johtopäätöksenä voidaan todeta, että diagnostiset menetelmät vaikuttavat bakteerien evoluutioon eikä mikään yksittäinen geenikohde ole ”turvallinen” ainakaan klamydiadiagnostiikassa.

 

Kysyimme Kaisulta:

Mitkä ovat suurimmat haasteet työssäsi? Epidemian myötä jonkin tutkimuksen kysyntä voi yhtäkkiä lisääntyä monikymmenkertaiseksi. Mikä toimii hyvin kun näytteitä on viisi päivässä, ei välttämättä toimi kun niitä äkkiä tuleekin 150.

Mitkä ovat olleet suurimmat edistysaskeleet urallasi? On ollut hienoa nähdä miten PCR-diagnostiikka on vihdoin kehittynyt täyttämään niitä odotuksia, joita siihen asetettiin vuosituhannen vaihteessa kun tein Turun ensimmäisistä kliinisen infektiodiagnostiikan sovelluksista väitöskirjaa. Nyt koronapandemian aikana meillä on käytössä koko paletti: nopeasti pystytettävä ja joustava in house –diagnostiikka, käsityötä vähentävät automaatit ja yksittäisten näytteiden nopea testaus 24/7.  Viime mainitulla pystymme merkittävästi helpottamaan potilaiden sijoittelua sairaalassa ja jopa säästämään suojavarusteita. Nopea diagnostiikka voi siis olla vaikuttavaa vaikka tautiin ei edes ole spesifistä hoitoa.

Miltä tulevaisuus omalla alallasi näyttää? Mikrobimaailman nopea evoluutio ja tekniikan kehitys taitavat työllistää meitä jatkossakin.

 

Xpert Day 2020 -puhujien esittelysarjassa vuorossa oli lääketieteen tohtori ja osastonylilääkäri Kaisu Rantakokko-Jalava (Tyks, Kliininen mikrobiologia, Bakteriologia ja mykologia). Seuraava esittely julkaistaan piakkoin – pysy kuulolla!

 

Lue myös muiden puhujien esittelyt:

“Virustorjuntaa Turussa – Harri Marttila kertoo lisää!” Harri Marttila

“Seksitaudit eivät häviä, mutta niiden leviämistä voidaan rajoittaa.” Eija Hiltunen-Back

“HCV-diagnostiikan haasteet ja tulevaisuus.” Margareeta Häkkinen