Koronaviruksen sekvensointiratkaisumme täältä!
RNASeq – Lexogen
Lexogenilla on monipuolisesti tuotteita RNA eristyksestä RNA sekvensointiin. Kirjastokittejä tarjolla single cell analyysiin, total RNA:n, mRNA sekvensointiin sekä mRNA ekspressiotasojen mittaamiseen.
- Total RNAseq CORALL – Complete coverage of transcripts from start to end (incl. UMIs & UDIs)
- Whole transcriptome mRNAseq ratkaisu: poly-a-selektio + Corall
- QuantSeq 3´ mRNA-Seq: Nopea, kustannustehokas koko genomin laajuinen ekspressioprofilointi. Saatavilla data-analyysiratkaisun kanssa!
- QuantSeq Pool: mahdollistaa 96 näytteen poolaamisen yhteen, yhdistä UDI-indeksien kanssa -> jopa kymmeniä tuhansia näytteitä yhteen Illumina-ajoon
- Small RNA-Seq Library Prep Kit Gel-free protokolla miRNA-analyysiin
- RiboCop rRNA Depletion Kit V2 (Human/Mouse/Rat), hyvin tehokas rRNA depleetio -> parempi sekvenssidata
- RiboCop for Bacteria Bakteerien rRNA depleetioon optimoitu kitti
- LUTHOR – uutuus single cell analyysiin, detekoi ekspressiotasot jopa yhden solun tarkkuudella
Swift Biosciences
Swift Normalase™ – tuote NGS-kirjastojen normalisointiin!
Normalase-kittiä käyttämällä voi kokonaan jättää väliin kirjastojen kvantifioinnin ja mittaamisen ja säästää täten aikaa & sekvensointikuluja. Soveltuu käytettäväksi useiden erilaisten DNA -ja RNA-kirjastokittien kanssa!
NGS kirjastokitit eri sovelluksiin Swift Biosciencesilta. Tehokkaat ja toistettavat tulokset jopa pienestä näytemäärästä. Swift Biosciences tarjoaa kirjastokittejä ja geenipaneeleita etenkin pienelle näytemäärälle, sekä Illuminan että Ion Torrentin laitteille. Tuotteet on suunniteltu mm. koko genomi- ja eksomisekvensointiin sekä epigenetiikan ja metagenomiikan tarpeisiin. Swift Biosciencesin tuotevalikoimasta löytyy myös geenipaneeleita etenkin syöpään ja uutuutena kevään aikana tulossa markkinoille 16S-paneeli metagenomiikkaan. Accel-NGS® 2S perheen tuotteet soveltuvat kaksijuosteiselle DNA:lle kuten myös Chip-Seqiin, cfDNA ja FFPE -näytteille.
Esimerkkejä kiteistä:
- 2S™ Turbo DNA kirjastokitit: monipuolinen & muokattava kustannustehokas ratkaisu moniin applikaatioihin, WGS, WES ym. Mukaan joko single, Combinatorial Dual tai Unique Dual Indeksit (UDIs)
- 2S™ Hyb DNA -kirjastokitti (soveltuu käytettäväksi Hybridization capture -menetelmien kanssa)
- Methyl- Seq DNA- kirjastokitti epigenetiikkaan & bisulfiittisekvensointi-sovelluksiin. Myös single cell näytteille
- 1S Plus kirjastokitti hajonneille & huonolaatuisille DNA-näytteille (Esim. FFPE)
- Myös oma kirjastokitti PacBiolle; Accel-NGS® XL
ACCEL-AMPLICON Paneelit (kittikoko 48 rxn):
- Accel-Amplicon® Plus 57G Pan-Cancer Profiling Panel
- Accel-Amplicon® Plus Comprehensive TP53 Panel
- Accel-Amplicon® Plus BRCA1 And BRCA2 Panel
- Accel-Amplicon® Plus BRCA1, BRCA2, and PALB2 Panel
- Accel-Amplicon® Plus EGFR Pathway Panel
- Accel-Amplicon® Plus Lynch Syndrome Panel
- Accel-Amplicon® Plus Lung Cancer Panel
- Accel-Amplicon® Plus CFTR Panel
- Accel-Amplicon® Plus Colorectal (CRC) Cancer Panel
- Accel-Amplicon® Plus Myeloid Panel
- UUTTA: targetoitu 16S-paneeli: Swift Amplicon™16S+ITS Panel!
Paragon Genomics
Paragon Genomicsilta kustannustehokkaat multiplex-PCR-pohjaiset targetoidut amplikonipaneelit, sekä räätälöityinä versioina että valmiina paneeleina. Paragon Genomicsin ratkaisuissa etuna PCR-taustaa puhdistava CleanPlex-teknologia. Toimivuus myös haastaville & matalille input-määrille alkaen 100pg-10ng (cfDNA, FFPE). Harvinaisempien varianttien detektioherkkyys 1%, Paragonin UMI Lung Cancer Paneelissa 0.1%.
Custom-versioon voit sisällyttää 7-20 000 amplikonia yhteen PCR-reaktioon (3h single tube protokolla).
Laajat paneelit soveltuvat esimerkiksi:
- Tumor Mutation Burden (TMB) Profiling
- Early Cancer Detection via Liquid Biopsies (with Molecular barcoding UMI)
- Mitochondrial Disease Testing
- Infectious Disease Research
- Agrigenomics High-Throughput Genotyping
Valmiit paneelit esim. syöpätutkimukseen ja genetiikan laboratorioihin:
- CleanPlex® OncoZoom Panel (65 syöpägeenin ja 2900+ hotspotin paneeli)
- CleanPlex® BRCA1 & BRCA2 Panel
- CleanPlex® TP53 Panel
- CleanPlex® Hereditary Cancer Panel (sis. 37 perinnöllisiin syöpiin assosioituvaa geeniä)
- CleanPlex® UMI Lung Cancer Panel (esim. nestebiopsiatutkimukseen ja diagnostiikkaan)
- CleanPlex® Mitochondrial Disease Panel
- CleanPlex® Myeloid Panel –Coming soon
- Kysy 8 reaktion testikittiä!
NuGEN
NuGEN tarjoaa ratkaisuja DNAseq, RNAseq, Methyl-Seq sekä kustannustehokas targetoitu genotyyppaus – Any application, any organism!
- Single cell, virusdetektio, Ultra low inputs
- Löydä harvinaisemmatkin transkriptit AnyDeplete-teknologian avulla
- Esim. ribosomaalisen RNA:n tai globiinin depleetio sekä myös depleetion custom-mahdollisuus
- DimerFree kirjastot
- DNA-kirjastokiteissä Unique Dual Indices eli UDIs
Tutustu blogiimme, jossa myös NGS-perusteet blogikirjoitussarja:
OSA 1. Mitä ottaa huomioon?
OSA 2. Mitä voidaan sekvensoida?
OSA 3. Tunnuslukuja ja termejä
OSA 4. Adapterit ja indeksit
